Per ottenere effetti particolari, è possibile variare l'opacità di un livello dal valore predefinito pari a 100% (totalmente opaco) fino allo 0% (totalmente trasparente). Se un livello è parzialmente trasparente, i livelli sottostanti sono visibili attraverso di esso.

È inoltre possibile modificare l'opacità di un gruppo di livelli.

L'impostazione Opacità della tavolozza Livelli indica l'opacità di ogni livello. L'opacità generale di un livello e l'opacità dei singoli pixel sono indipendenti l'una dall'altra. Ad esempio, se l'opacità iniziale di un pixel è del 50%e l'opacità del livello è impostata sul 50%, il pixel viene visualizzato con un'opacità del 25%. Se il livello fa parte di un gruppo di livelli la cui opacità è impostata sul 50%, l'opacità del pixel è del 12,5 %.